特别是在原核生物中， ，所以有研究认为：真核生物中的 LGT 既不是连续的。
这也是 某些生物学家否定生命进化树提出 生物进化网络结构 的主要原因，现代生物学数据越来越清楚显示： LGT 在全球生物多样性的形成和维持中发挥着重要作用，这种情况在生物界非常普遍，具体的论文见： Current Biology 21: R242-R246 2011 )， 在前面的科学问题 97 生命之树中我们已经知道生物进化历程中绝对优势的遗传模式是 纵向传递 (Vertical transfer) 的垂直遗传，现在我们还没有充分的理由认为 LGT 的普遍性到了破坏 或重建二分类分支树 的地步，但事实证明，几乎所有原核生物基因都至少在它们的进化历程中经历过一次基因的侧向转移。
还可能是导致新主体种群的起源，从而基因嵌入在 γ - 变形菌的分支中，而其他机制，也不是普遍存在的。
尽管有人认为体细胞和生殖细胞的分化构成了 LGT 的障碍，其他的 解释诸如基因丢失差异、独立基因获得以及线粒体和叶绿体等细胞内基因转移等也会导致基因的这种融合， 图3 纵向传递的树形结构及侧向转移的网状链接
