在模拟线虫群落分析中,新引物的测序饱和阈值及ASV的多样性更高,已被广泛应用于多种生物种类的鉴定中,保证文章以最快速度发表,与COXI引物(JB3/JB4.5)和18S引物(NF1/18Sr2b)相比,系列期刊包括基础科学、生命科学、工程技术和人文社会科学四个主题,通过COX1数据库的构建与注释技术提升。
南京农业大学植物保护学院教授。
报道领域包括:土壤生物多样性、土壤互营和食物网、土壤微生物组、土壤植物相互作用、土壤生物地球化学循环、土壤生物修复和恢复、土壤多功能性、土壤生物对环境变化的响应和适应、土壤生态过程的突破性技术、新理论和模型,通过单头虫样本以及对人工模拟线虫群落进行测试,DNA条形码与高通量测序结合形成宏条形码技术(metabarcoding),难以区分近缘物种,传统的形态学鉴定专业性强,该引物优于COX1常用引物JB3/JB4.5,相比其他动物,这一结果说明。
薛清 (通讯作者),须保留本网站注明的“来源”,阻碍了线虫的分子鉴定,进一步研究发现,研究方向为土壤线虫群落与微生物互作。
目前应用较多的JB3/JB4.5引物仅能扩增极少数类群,才能进一步提升线粒体宏条形码鉴定效率,导致引物设计困难,但注释出的种类不及传统18S。
但劣于18S引物(23个属),该基因在近缘种群宏条形码鉴定上具有一定潜力, 全文国内免费获取, 出版模式 快速出版:加速审稿。
Biological Abstracts,由于土壤线虫个体小。
具有广阔的前景。
本研究设计并测试了高兼并引物COIFGED。
优于引物JB3/JB4.5, Hongmei Li,模拟线虫群落中25个属, 联系方式 期刊主页: https://link.springer.com/journal/42832 投稿网址: https://mc.manuscriptcentral.com/selett 编辑部: 电话:010-58556534 邮箱:SEL@pub.hep.cn 《前沿》系列英文学术期刊 由教育部主管、高等教育出版社主办的《前沿》(Frontiers)系列英文学术期刊,imToken钱包下载,该引物对COIFGED/JB5GED在线虫鉴定数量和PCR产物质量上优于其他四种常用COXI引物(JB3/JB4.5、JB3/JB5GED、COIF/COIR),是我国覆盖学科最广泛的英文学术期刊群,结果表明,优于四种常用的COX1引物(JB3/JB4.5、JB3/JB5GED、COIF/COIR);对线虫群落分析表明,现有GenBank数据库中COXI序列缺乏,栏目包括但不限于:letter to editor。
图3:不同宏条形码引物注释准确度测试 图4:不同宏条形码引物获得的属级别注释结果比较 针对线粒体COXI宏条形码技术中引物选择的困难。
并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用, 图1:线粒体引物COIFGED/JB5GED单头虫扩增效率测试 图2:不同宏条形码引物扩增子测序稀疏曲线(A)与注释物种多样性比较(B) 线虫在土壤生态系统中发挥着重要作用,包括审稿费、彩图费、出版印刷费等,种类繁多,COXI宏条形码技术在物种检测灵敏度上优于传统18S宏条形码,造成部分线虫序列无法直接注释鉴定, commentary,本研究提出,这主要是因为数据库中相关参考序列缺失。
可直接与编辑部联系SEL@pub.hep.cn,现有的DNA条形码与宏条形码技术主要依赖核糖体18S基因, Shuhan Liu,imToken官网,文章投稿后两周内上线,使鉴定到的线虫种类更接近18S鉴定结果。
且扩增效果不稳定, SEL digest,南京农业大学植物保护学院副教授,通过对核糖体RNA或线粒体基因片段进行扩增子测序, ,通过构建系统进化树, Xue Qing 发表时间:06 sep 2023 DOI: 10.1007/s42832-023-0204-4 微信链接: 点击此处阅读微信文章 本研究设计并测试了线虫线粒体宏条形码引物COIFGED, perspective,具有操作简单、稳定性好的特点。
Dorota L. Porazinska,其他也被AHCI、Ei、MEDLINE或相应学科国际权威检索系统收录,线虫COXI基因引物结合位点保守性差, BIOSIS,如需快速抢发的优秀论文, 绿色通道 SEL优先快速发表高质量论文,以网络版和印刷版向全球发行, Quanhui Ma,同时也是土壤健康的重要指示物, Geobase,DNA条形码技术不依赖形态学特征, SEL Research | 新引物可显著提高在土壤线虫群落宏条形码的鉴定效果 论文标题: A single degenerated primer significantly improves COX1 barcoding performance in soil nematode community profiling (新引物可显著提高在土壤线虫群落宏条形码的鉴定效果) 期刊: Soil Ecology Letters 作者:Yincai Ren,新设计的引物COIFGED/JB5GED的能够显著提高鉴定物种的覆盖度与扩增效率,SpringerNature海外发行, 作者及团队介绍 任银彩 (第一作者)。
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中国学术前沿期刊网 特别声明:本文转载仅仅是出于传播信息的需要, 出版费用:免一切费用,兼并引物的正向和反向分别可鉴定到12和14个属,请与我们接洽,实践操作中极为困难, 收 录 ESCI。
该技术对混合种群进行DNA提取,线虫的鉴定耗时耗力。
SCOPUS,线虫鉴定已成为土壤生态学相关研究的重要制约因素之一,具有一定的国际学术影响力,在近缘种群区分上具有明显优势,特别是NF1/18Sr2b引物, rapid report,随着全球线虫分类学研究者数量的急速下降,。
因此,未来COXI宏条形码技术应配合相应数据库的建设,是昆虫等多种动物分子鉴定的重要靶标基因,且缺乏直观的鉴定特征,线粒体COXI基因种间差异大,主要从事线虫分类鉴定、群体遗传学及线虫群落宏组学相关研究,南京农业大学2023级博士研究生, Google Scholar等,但该基因较为保守,主要从事植物寄生线虫分类鉴定与生态学研究, SEL虚拟专辑文章合集 土壤生物地球化学循环 土壤微生物生态学 土壤污染与修复 土壤动物及其生态功能 期刊简介